❶ lis系統質控如何粘貼復制
ctrl加c復制,ctrl加v粘貼。LIS系統全稱,是專為醫院檢驗科設計的一套實驗室信息管理系統,該系統為了方便快捷採用了電腦中的ctrl加c復制,ctrl加v粘貼。有助於提高實驗室的整體管理水平,減少漏洞,提高檢驗質量。
❷ 使用fastp進行數據質控
fastp是一款較新的數據質控軟體,接觸這個軟體也是由於目前市場的軟體各有功能但是功能都不是很全,譬如最近接觸到一個RNAseq數據,質量較差,需要去除接頭而且含N較多,序列起始端的數據較差需要去除幾個bp,本來是打算使用trimmomatic去除接頭和起始幾個bp+cutadapt去除含N多的序列,但覺得稍微復雜。下面我們看看fastp能做什麼。
以上功能大多都不需要輸入太多的參數,一些功能默認已經開啟,但是可以用參數關閉。fastp完美支持gzip的輸入和輸出,同時支持SE和PE數據,而且不但支持像Illumina平台的short read數據,也在一定程度上支持了PacBio/Nanopore的long reads數據。
fastp軟體會生成HTML格式的報告,而且該報告中沒有任何一張靜態圖片,所有的圖表都是使用JavaScript動態繪制,非常具有交互性。想要看一下樣板報告的,可以去以下鏈接: http://opengene.org/fastp/fastp.html
而且軟體的開發者還充分考慮到了各種自動化分析的需求,不但生成了人可讀的HTML報告,還生成了程序可讀性非常強的JSON結果,該JSON報告中的數據包含了HTML報告100%的信息,而且該JSON文件的格式還是特殊定製的,不但程序讀得爽,你用任何一款文本編輯器打開,一眼過去也會看得明明白白。想要看一下JSON結果長什麼樣的,可以去以下鏈接: http://opengene.org/fastp/fastp.json
下面我們先來看看fastp的具體參數:
雖然參數看起來比較多,但常用的主要包括以下幾個部分:
fastp默認啟用了接頭處理,但是可以使用-A命令來關掉。fastp可以自動化地查找接頭序列並進行剪裁,也就是說你可以不輸入任何的接頭序列,fastp全自動搞定了!對於SE數據,你還是可以-a參數來輸入你的接頭,而對於PE數據則完全沒有必要,fastp基於PE數據的overlap分析可以更准確地查找接頭,去得更干凈,而且對於一些接頭本身就有鹼基不匹配情況處理得更好。fastp對於接頭去除會有一個匯總的報告。
fastp可以對所有read在頭部和尾部進行統一剪裁,該功能在去除一些測序質量不好的cycle比較有用,比如151*2的PE測序中,最後一個cycle通常質量是非常低的,需要剪裁掉。使用-f和-t分別指定read1的頭部和尾部的剪裁,使用-F和-T分別指定read2的頭部和尾部的剪裁。
很多時候,一個read的低質量序列都是集中在read的末端,也有少部分是在read的開頭。fastp支持像Trimmomatic那樣對滑動窗口中的鹼基計算平均質量值,然後將不符合的滑窗直接剪裁掉。使用-5參數開啟在5』端,也就是read的開頭的剪裁,使用-3參數開啟在3』端,也就是read的末尾的剪裁。使用-W參數指定滑動窗大小,默認是4,使用-M參數指定要求的平均質量值,默認是20,也就是Q20。
默認開啟多序列過濾,默認值為15,使用-L(--disable_length_filtering)禁止此默認選項。或使用-l(--length_required)自定義最短序列。
fastp支持對PE數據的每一對read進行分析,查找它們的overlap區間,然後對於overlap區間中不一致的鹼基,如果發現其中一個質量非常高,而另一個非常低,則可以將非常低質量的鹼基改為相應的非常高質量值的鹼基值。此選項默認關閉,可使用-c(--correction)開啟。
fastp可以對低質量序列,較多N的序列,該功能默認是啟用的,但可以使用-Q參數關閉。使用-q參數來指定合格的phred質量值,比如-q 15表示質量值大於等於Q15的即為合格,然後使用-u參數來指定最多可以有多少百分比的質量不合格鹼基。比如-q 15 -u 40表示一個read最多隻能有40%的鹼基的質量值低於Q15,否則會被扔掉。使用-n可以限定一個read中最多能有多少個N。
最後,附一個簡單的例子:
雖然軟體作者稱其速度很快,但就我的測試來看好像並沒有那麼快,可能與實驗室伺服器還在跑別的程序有關。其次就是他的質控報告,對於多個質控結果,如果能夠與multiqc一樣出一份匯總報告就更好了。
參考:
fastp: 一款超快速全功能的FASTQ文件自動化質控+過濾+校正+預處理軟體
https://github.com/OpenGene/fastp
❸ 質控儀監測原理是什麼呀
因為分析儀器基本都是靠試劑來得到水質數據。質控儀則是根據提供一定已知濃度的標液來讓分析儀器進行分析,通過分析儀器給出的結果與正確數據對比,最終確認分析儀器是否正常工作。
❹ 第三方質控平台登錄密碼忘記了怎麼處理
點擊忘記密碼
每個app都會有找回密碼的功能,點擊忘記密碼或找回密碼,然後輸入手機號,app會給你的手機發送一個驗證碼,填寫完驗證碼就可以重置密碼了。
登錄,是進入操作系統或者應用程序(通常是在遠程計算機上)的過程,在計算機和互聯網領域都會用到。
❺ 邁瑞BC2600 怎麼把做出來的質控傳到電腦它自帶的軟體上
要在質控結果查看界面,按F1通信發送過去,屏幕下方有提示的按哪個鍵是通信。
❻ 質控規則
拿一個批號的質控品某個項目連續做20次,利用20次的結果求得平均值X,還有標准差S。
以後日常工作中就用該質控品做,如果出來的結果在X±3S內,就說今天某個項目檢測狀態ok,才可以做病人的標本,不然就得考慮是不是哪裡出問題了,包括儀器試劑等等方面,標准差可以用電腦上的軟體來算。
質控規則是解釋質控數據和作出質控狀態判斷的決策標准。
(6)電腦質控平台在哪裡擴展閱讀:
正常分布規律:95%數據落在X±2S內;不能有連續5次結果在同一側;不能有5次結果漸升或漸降;不能連續2個點落在X±2S以外;不應該有落在X±3S以外的點。
異常表現:① 漂移,提示存在系統誤差;②趨勢性變化,說明試劑或儀器的性能已發生變化;③ 精度變化,提示測定的偶然誤差較大。
❼ 生產管理軟體有哪些
生產管理系統軟體推薦如下:
1、鼎捷MES方案,適合中國製造需求的智能車間方案,工業生產智能製造的趨勢,傳統製造業以升級打造智能車間為目標,鼎捷數字化製造系統集成製造行業業務系統,藉助基於物聯網的解決方案讓企業全面升級,實現製造設備數字化、生產信息數字化、質檢數字化,實現透明化車間,解決智能製造周期,效益,成本,質量等問題,創造有效價值。
2、新頁生產ERP,一款針對生產企業的管理軟體。它包含生產、采購、銷售、庫存、財務、質量管理、人力資源等模塊;軟體的界面簡潔,操作簡單,反應迅速、穩定。軟體分為免費版、正式版,其中免費版可以一台電腦長期使用,功能與正式版完全一致,非常適合用戶學習使用。軟體涵蓋了生產企業幾乎所有部門的列印格式,列印報表支持自定義。軟體支持電腦、手機、平板、PDA等設備一起使用。
❽ 質控儀是質控什麼用的是質量控制儀器
103E質控儀是一種能夠檢查水質在線監測儀器是否工作正常、分析數據是否有效的質量監控系統。質控系統可為所質控在線分析儀器提供三種濃度的標准試劑,可通過本地或者遠程式控制制平台,選擇需要的標准試劑的濃度,並將其傳輸至分析儀器。通過控制分析儀器,獲取其分析得到的數據,並將其上傳至質控儀系統,達到對分析儀器的質量管控的目的。減少人工質控需前往現場的人力物力投入,實現了質控管理的物聯網。
❾ 國家單病種質量管理與控制平台怎麼打不開
國家單病種質量管理與控制平台打不開有以下原因。
1、瀏覽器版本問題,或是已經丟失破壞,建議清理緩存或重新安裝,也可能是不兼容,換一個或者是瀏覽器崩潰,可以用騰訊電腦管家,電腦診所,上網異常,IE修復。
2、網速不流暢,騰訊電腦管家流量監控查下,要是上傳的流量特別大就得擔心了,可能中毒了信息在泄露。
3、下載個flashplayer,是不是網頁自動攔截了,會在選項卡下面有提示。