這個還要看你在CMOS中設置的啟動順序有關的，如果你設置的啟動順序是CDROM優先於HDD（硬碟）那麼機器在啟動檢測的時候是先檢測接有光碟機的那個介面，檢測到你的光碟機後，因為你的光碟機的數據線上又有一個硬碟，這個時候就會再從光碟機一起連接的硬碟上當作主硬碟。（關鍵是你的2個硬碟都是主分區）
在實際的操作中是不建議將硬碟和光碟機接再同一個數據線上的，除非是主板只有一個IDE介面。建議將2個硬碟接到用一個數據線上，如果不知道如何跳線，可以將2各硬碟上的跳線都拔掉，一般的主板廠家對3口數據線的定義中間的那個數據線是主盤介面，兩頭的是從盤介面，當然也有廠家是相反的。具體的你可以將2個硬碟的第一分區大小分的不一樣，然後判斷介面是如何區分主從盤的，不過這種將跳線都拿掉的後果是一個硬碟上的分區在系統里顯示的是第1、3、5、7分區（即CEGI分區）另外一個是2、4、6、8分區（即DFHJ分區）。不過從你說的情況來看，你是知道怎麼跳線的，如果跳線中確定了主從盤，那在數據線上接那個介面都無所謂了。並且設定了主盤和從盤的時候，在系統里主盤的分區是CDEF，從盤的是跟在後面的，不會出現盤符交叉的現象的
建議將轉速高的7200轉的硬碟當主盤，速度慢的當從盤，畢竟系統安裝在轉速快的硬碟上系統運行的速度要快一點的。
硬碟上都有跳線說明的，你按照上面的說明提示Master是主盤，Slave是從盤，CS是自動設別（如果只有一個硬碟可以接這個，否則不建議接這個）。如果有2個硬碟，設置了主盤以後，從盤也可以不插跳線介面，會自動被設別成從盤的。還是建議你把轉速高的硬碟設置成主盤，