❶ lis系统质控如何粘贴复制
ctrl加c复制,ctrl加v粘贴。LIS系统全称,是专为医院检验科设计的一套实验室信息管理系统,该系统为了方便快捷采用了电脑中的ctrl加c复制,ctrl加v粘贴。有助于提高实验室的整体管理水平,减少漏洞,提高检验质量。
❷ 使用fastp进行数据质控
fastp是一款较新的数据质控软件,接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全,譬如最近接触到一个RNAseq数据,质量较差,需要去除接头而且含N较多,序列起始端的数据较差需要去除几个bp,本来是打算使用trimmomatic去除接头和起始几个bp+cutadapt去除含N多的序列,但觉得稍微复杂。下面我们看看fastp能做什么。
以上功能大多都不需要输入太多的参数,一些功能默认已经开启,但是可以用参数关闭。fastp完美支持gzip的输入和输出,同时支持SE和PE数据,而且不但支持像Illumina平台的short read数据,也在一定程度上支持了PacBio/Nanopore的long reads数据。
fastp软件会生成HTML格式的报告,而且该报告中没有任何一张静态图片,所有的图表都是使用JavaScript动态绘制,非常具有交互性。想要看一下样板报告的,可以去以下链接: http://opengene.org/fastp/fastp.html
而且软件的开发者还充分考虑到了各种自动化分析的需求,不但生成了人可读的HTML报告,还生成了程序可读性非常强的JSON结果,该JSON报告中的数据包含了HTML报告100%的信息,而且该JSON文件的格式还是特殊定制的,不但程序读得爽,你用任何一款文本编辑器打开,一眼过去也会看得明明白白。想要看一下JSON结果长什么样的,可以去以下链接: http://opengene.org/fastp/fastp.json
下面我们先来看看fastp的具体参数:
虽然参数看起来比较多,但常用的主要包括以下几个部分:
fastp默认启用了接头处理,但是可以使用-A命令来关掉。fastp可以自动化地查找接头序列并进行剪裁,也就是说你可以不输入任何的接头序列,fastp全自动搞定了!对于SE数据,你还是可以-a参数来输入你的接头,而对于PE数据则完全没有必要,fastp基于PE数据的overlap分析可以更准确地查找接头,去得更干净,而且对于一些接头本身就有碱基不匹配情况处理得更好。fastp对于接头去除会有一个汇总的报告。
fastp可以对所有read在头部和尾部进行统一剪裁,该功能在去除一些测序质量不好的cycle比较有用,比如151*2的PE测序中,最后一个cycle通常质量是非常低的,需要剪裁掉。使用-f和-t分别指定read1的头部和尾部的剪裁,使用-F和-T分别指定read2的头部和尾部的剪裁。
很多时候,一个read的低质量序列都是集中在read的末端,也有少部分是在read的开头。fastp支持像Trimmomatic那样对滑动窗口中的碱基计算平均质量值,然后将不符合的滑窗直接剪裁掉。使用-5参数开启在5’端,也就是read的开头的剪裁,使用-3参数开启在3’端,也就是read的末尾的剪裁。使用-W参数指定滑动窗大小,默认是4,使用-M参数指定要求的平均质量值,默认是20,也就是Q20。
默认开启多序列过滤,默认值为15,使用-L(--disable_length_filtering)禁止此默认选项。或使用-l(--length_required)自定义最短序列。
fastp支持对PE数据的每一对read进行分析,查找它们的overlap区间,然后对于overlap区间中不一致的碱基,如果发现其中一个质量非常高,而另一个非常低,则可以将非常低质量的碱基改为相应的非常高质量值的碱基值。此选项默认关闭,可使用-c(--correction)开启。
fastp可以对低质量序列,较多N的序列,该功能默认是启用的,但可以使用-Q参数关闭。使用-q参数来指定合格的phred质量值,比如-q 15表示质量值大于等于Q15的即为合格,然后使用-u参数来指定最多可以有多少百分比的质量不合格碱基。比如-q 15 -u 40表示一个read最多只能有40%的碱基的质量值低于Q15,否则会被扔掉。使用-n可以限定一个read中最多能有多少个N。
最后,附一个简单的例子:
虽然软件作者称其速度很快,但就我的测试来看好像并没有那么快,可能与实验室服务器还在跑别的程序有关。其次就是他的质控报告,对于多个质控结果,如果能够与multiqc一样出一份汇总报告就更好了。
参考:
fastp: 一款超快速全功能的FASTQ文件自动化质控+过滤+校正+预处理软件
https://github.com/OpenGene/fastp
❸ 质控仪监测原理是什么呀
因为分析仪器基本都是靠试剂来得到水质数据。质控仪则是根据提供一定已知浓度的标液来让分析仪器进行分析,通过分析仪器给出的结果与正确数据对比,最终确认分析仪器是否正常工作。
❹ 第三方质控平台登录密码忘记了怎么处理
点击忘记密码
每个app都会有找回密码的功能,点击忘记密码或找回密码,然后输入手机号,app会给你的手机发送一个验证码,填写完验证码就可以重置密码了。
登录,是进入操作系统或者应用程序(通常是在远程计算机上)的过程,在计算机和互联网领域都会用到。
❺ 迈瑞BC2600 怎么把做出来的质控传到电脑它自带的软件上
要在质控结果查看界面,按F1通信发送过去,屏幕下方有提示的按哪个键是通信。
❻ 质控规则
拿一个批号的质控品某个项目连续做20次,利用20次的结果求得平均值X,还有标准差S。
以后日常工作中就用该质控品做,如果出来的结果在X±3S内,就说今天某个项目检测状态ok,才可以做病人的标本,不然就得考虑是不是哪里出问题了,包括仪器试剂等等方面,标准差可以用电脑上的软件来算。
质控规则是解释质控数据和作出质控状态判断的决策标准。
(6)电脑质控平台在哪里扩展阅读:
正常分布规律:95%数据落在X±2S内;不能有连续5次结果在同一侧;不能有5次结果渐升或渐降;不能连续2个点落在X±2S以外;不应该有落在X±3S以外的点。
异常表现:① 漂移,提示存在系统误差;②趋势性变化,说明试剂或仪器的性能已发生变化;③ 精度变化,提示测定的偶然误差较大。
❼ 生产管理软件有哪些
生产管理系统软件推荐如下:
1、鼎捷MES方案,适合中国制造需求的智能车间方案,工业生产智能制造的趋势,传统制造业以升级打造智能车间为目标,鼎捷数字化制造系统集成制造行业业务系统,借助基于物联网的解决方案让企业全面升级,实现制造设备数字化、生产信息数字化、质检数字化,实现透明化车间,解决智能制造周期,效益,成本,质量等问题,创造有效价值。
2、新页生产ERP,一款针对生产企业的管理软件。它包含生产、采购、销售、库存、财务、质量管理、人力资源等模块;软件的界面简洁,操作简单,反应迅速、稳定。软件分为免费版、正式版,其中免费版可以一台电脑长期使用,功能与正式版完全一致,非常适合用户学习使用。软件涵盖了生产企业几乎所有部门的打印格式,打印报表支持自定义。软件支持电脑、手机、平板、PDA等设备一起使用。
❽ 质控仪是质控什么用的是质量控制仪器
103E质控仪是一种能够检查水质在线监测仪器是否工作正常、分析数据是否有效的质量监控系统。质控系统可为所质控在线分析仪器提供三种浓度的标准试剂,可通过本地或者远程控制平台,选择需要的标准试剂的浓度,并将其传输至分析仪器。通过控制分析仪器,获取其分析得到的数据,并将其上传至质控仪系统,达到对分析仪器的质量管控的目的。减少人工质控需前往现场的人力物力投入,实现了质控管理的物联网。
❾ 国家单病种质量管理与控制平台怎么打不开
国家单病种质量管理与控制平台打不开有以下原因。
1、浏览器版本问题,或是已经丢失破坏,建议清理缓存或重新安装,也可能是不兼容,换一个或者是浏览器崩溃,可以用腾讯电脑管家,电脑诊所,上网异常,IE修复。
2、网速不流畅,腾讯电脑管家流量监控查下,要是上传的流量特别大就得担心了,可能中毒了信息在泄露。
3、下载个flashplayer,是不是网页自动拦截了,会在选项卡下面有提示。