这个还要看你在CMOS中设置的启动顺序有关的，如果你设置的启动顺序是CDROM优先于HDD（硬盘）那么机器在启动检测的时候是先检测接有光驱的那个接口，检测到你的光驱后，因为你的光驱的数据线上又有一个硬盘，这个时候就会再从光驱一起连接的硬盘上当作主硬盘。（关键是你的2个硬盘都是主分区）
在实际的操作中是不建议将硬盘和光驱接再同一个数据线上的，除非是主板只有一个IDE接口。建议将2个硬盘接到用一个数据线上，如果不知道如何跳线，可以将2各硬盘上的跳线都拔掉，一般的主板厂家对3口数据线的定义中间的那个数据线是主盘接口，两头的是从盘接口，当然也有厂家是相反的。具体的你可以将2个硬盘的第一分区大小分的不一样，然后判断接口是如何区分主从盘的，不过这种将跳线都拿掉的后果是一个硬盘上的分区在系统里显示的是第1、3、5、7分区（即CEGI分区）另外一个是2、4、6、8分区（即DFHJ分区）。不过从你说的情况来看，你是知道怎么跳线的，如果跳线中确定了主从盘，那在数据线上接那个接口都无所谓了。并且设定了主盘和从盘的时候，在系统里主盘的分区是CDEF，从盘的是跟在后面的，不会出现盘符交叉的现象的
建议将转速高的7200转的硬盘当主盘，速度慢的当从盘，毕竟系统安装在转速快的硬盘上系统运行的速度要快一点的。
硬盘上都有跳线说明的，你按照上面的说明提示Master是主盘，Slave是从盘，CS是自动设别（如果只有一个硬盘可以接这个，否则不建议接这个）。如果有2个硬盘，设置了主盘以后，从盘也可以不插跳线接口，会自动被设别成从盘的。还是建议你把转速高的硬盘设置成主盘，